מוזיאון פרגמון (בגרמנית: Pergamonmuseum) הוא מוזיאון המצוי באי המוזיאונים שבברלין. בשל ייחודו הארכיטקטוני של המבנה, ובשל ייחודיות מוצגיו החליט ארגון אונסק"ו כי מוזיאון זה, יחד עם מוזיאונים אחרים באי המוזיאונים יהוו אתר מורשת עולמית.

מבנה המוזיאון תוכנן על ידי אלפרד מסל ולודוויג הופמן ונבנה בין השנים 1910–1930. המוזיאון מכיל מספר מבנים עתיקים שהובאו אליו בשלמותם והוקמו בו מחדש, בהם מזבח פרגמון, שער השוק של מילטוס, שער עשתר , רחוב התהלוכות של בבל, חזית ארמון משאטה וחדר חלב.

המוזיאון מכיל אוסף של עתיקות מהעת העתיקה (יוון העתיקה ורומא העתיקה), מוזיאון לעתיקות המזרח הקדום, ומוזיאון לאמנות אסלאמית. במוזיאון מבקרים למעלה מ-1,100,000 מבקרים מדי שנה.